La funzione dell'algoritmo è di calcolare, date le sequenze S e T, la copertura massima di T utilizzando solo sottosequenze e sottosequenze inverse e complementate di S, con lunghezza minima l, eventualmente sovrapposte tra di loro, ed in tale copertura massima minimizzare il numero di sequenze utilizzate.
Il problema è stato risolto eseguendo una preelaborazione di S (indipendente dalla sequenza sulla quale si andrà poi a cercare la copertura massima e quindi utilizzabile per ogni possibile T) generando un grafo che permette di riconoscere rapidamente le sottosequenze di S.
Si generano quindi il grafo G usando S ed il grafo G' usando S invertito e complementato, utilizzando poi G, G' e T si esegue un calcolo rapido della copertura massima.